El Colegio Mayor Fundación SEPI  no tiene capacidad jurídica independiente de la fundación del mismo nombre, en la que se encuentra integrado. Sin perjuicio de las facultades atribuidas al Rector de la Universidad Complutense de Madrid, a la que se halla adscrito dicho colegio mayor, el órgano máximo de representación y gobierno del colegio es, por las razones antes expuestas, el Patronato de la Fundación SEPI. Por delegación del patronato, la Dirección de la Fundación SEPI viene ejerciendo las aludidas máximas funciones de representación y gobierno del colegio.